تعتبر خدمة الصرف الصحى بمحافظة الفيوم متأخرة الى حد ما إذا ما قٌرنت بخدمة المياه ، ولكنها تفوق مثيلتها فى المحافظات الأخرى حيث يتم حالياً تغطية خدمة الصرف الصحى لنسبة 37% تقريباً من سكان محافظة الفيوم .
ويوجد حالياً 22 محطة معالجة للصرف الصحى منها عدد 9 محطات معالجة بنظام برك الأكسدة ، ومحطات المعالجة الميكانيكية ، ونظام المواسير الصغيرة ، وجارى حالياً تنفيذ مشروع تطوير محطة سنهور من نظام برك الأكسدة الى نظام USAB نظام المعالجة اللاهوائية .
