تعتبر خدمة الصرف الصحى بمحافظة الفيوم متأخرة الى حد ما إذا ما قٌرنت بخدمة المياه ، ولكنها تفوق مثيلتها فى المحافظات الأخرى حيث يتم حالياً تغطية خدمة الصرف الصحى لنسبة 28% تقريباً من سكان محافظة الفيوم ومخطط أن تصل هذه النسبة الى 50% بنهاية عام 2007 بعد الانتهاء من المشروعات الحالية وستصل الى حوالى 70% بنهاية عام 2017.